Pesantren Al-Umm ASWAJA, sebagai lembaga pendidikan lainnya secara rutin mengadakan upacara bendera setiap awal pekan. Sebagai pesantren, dengan hari libur di hari Jum'at, maka pesantren mengadakan upacara bendera setiap hari Sabtu.

Adapun petugas upacara digilir per kelas oleh Bagian Pengasuhan Santri, Beberapa bulan sekali, para anggota Dewan Guru menjadi petugas upacara sebagai contoh tata laksana upacara yang baik dan benar.

Upacara bendera di Pesantren Al-Umm ASWAJA dilaksanakan dengan Bahasa Arab dan Inggris sebagai bahasa resmi upacara awal pekan.